Kdy se stala naše obec vlastnictvím biskupa, se nepodařilo zjistit. Mohlo to být však již v desátém století, kdy česká knížata rozdávala statky církvi a klášterům. Stejně tak náležela biskupovi sousední obec Jaroměřice a velká část lesa směrem na Kladky.
Dosud byla řeč o biskupovi pražském, který do roku 1063 vykonával jako jediný tuto duchovní funkci. V uvedeném roce však vzniklo biskupství také v Olomouci, což se mladému pražskému biskupovi Jaromírovi pochopitelně nelíbilo. Dostal se s olomouckým biskupem Janem do velkých konfliktů, které musel posléze vyřešit samotný papež v Římě. Roku 1075 dojednal tedy papež mezi oběma duchovními smír, jehož důsledkem bylo odtržení Biskupic od pražského biskupství a jejich začlenění k biskupství olomouckému. Obec Jaroměřice zůstala pražskému biskupovi Jaromírovi a tehdy změnila své jméno na dnešní. Biskupice měly v té době bud' již dnešní název nebo dostaly nové jméno podle biskupství olomouckého. Někdy ve dvanáctém století došlo ke kolonizaci lesa u Biskupic. Cílem této činnosti bylo zvýšení výnosu ze statku olomouckého biskupa. Tak vznikly obce Kladky, Březinky a Nectava. V těsné blízkosti Biskupic byly také založeny vesnice Lhotka (jižně od naší obce) a Zelhotín, který ležel poblíž dnešní Nectavy.
Obě tyto osady posléze zanikly. První listinné zprávy o Biskupicích pocházejí z roku 1262, kdy 0lomoucký biskup Bruno daroval naši obec k užitku olomoucké kapitule. O století později, roku 1361, koupil Biskupice markrabě Jan, bratr krále Karla IV. Krajina východně od Biskupic se mu zdála natolik výhodná, že zde nechal vybudovat pevný hrad Plankenberk. Janovi synové Jošt a Prokop se po jeho smrti dostali do velkých sporů o dědictví, přičemž Plankenberk i okolní obce na tyto nevraživosti velmi doplácely. Po Prokopově smrti dal Jošt roku 1412 hrad s vesnicemi Biskupice a Březinky do dědického vlastnictví Heraltovi z Kunštátu. Během husitských válek je připomínán velký spor o kostelní službu mezi Biskupicemi a Jaroměřicemi. Ač se to zdá dnes zvláštní, došlo tehdy k přifaření Jaroměřic k naší obci. V jaroměřickém kostele se odbýval pouze křest a bohoslužby, zatímco pohřby se musely konat v Biskupicích. Když se obou vesnic zmocnil někdy v roce 1424 Víček z Opatovic, obrátili se na něho lidé z Jaroměřic, aby učinil pořádek mezi nimi a biskupickým farářem Martinem, který zanedbává bohoslužby v Jaroměřicích.
Víček z Opatovic jaroměřické podpořil a ti pak vtrhli do Biskupic a rabovali co se dalo. Po smrti právoplatného majitele Biskupic Heralta z Kunštátu připadla naše obec dědictvím Žofce z Kunštátu. Ta ji posléze prodala bratrům Martinovi a Alšovi z Drahanovic. V roce 1446 se Biskupice dostávají, zřejmě na základě dědictví, do držení pánů z Polanky. Roku 1493 je panství prodáno Volfartovi a Janu Planknarovi z Kynšperka. Jednalo se o ves Biskupice s kostelem a dvorem, Březinky se dvorem, pustý hrádek (Plankenberk) a dnes zaniklé obce Lhota a Zelhotín. V roce 1513 prodává pán z Kynšperka naši obec Petru Šedíkovi z Kunčiny, kterému patří také sousední Jaroměřice a dokonce i Jevíčko. V zápisu v zemských deskách se poprvé uvádí, že v Biskupicích stojí tvrz. Z toho lze vyvodit, že první tvrz v této obci postavili páni z Kynšperka. V pramenech se také uvádí, že k biskupickému panství patří již tehdy pusté vsi Lhota a Zelhotín a zbořený hrádek nad Nectavou.