Friedrichovi synové, Hugo a Lamoral, vstoupili v roce 1940 dobrovolně do řad německé armády. Hugo narukoval do Stuttgartu k jezdeckému pluku č. 18, kde sloužil do května roku 1940.
Do ledna příštího roku pobýval na frontě ve Francii, poté byl v důstojnické škole v Krampnitz u Berlína. S vojenským povýšením měl určité problémy. Mnozí z Thurn - Taxisů z Bavorska a Vídně byli pro své demokratické smýšlení nacistickému režimu trnem v oku, někteří byli dokonce v koncentračním táboře.
I přes své "neposlušné" příbuzné však nakonec Hugo vojenského úspěchu dosáhl Na podzim roku 1941 byl odvelen na ruskou frontu, poté následoval návrat na západní bojiště do Francie. V poválečné obhajobě Hugo uvedl, že během války změnil svůj názor na Hitlera a nacistickou ideologii a chtěl prý také vystoupit z NSDAP. Vypověděl, že byl na jaře roku 1944 předvolán do Bruselu ke generálu von Falkenhausen.
Ten ho prý informovalo Hitlerově postoji k válce - Německo mělo bojovat nadále i přes invazi spojenců, ke které mělo brzy dojít. Hugo nesouhlasil se sebezničujícím bojem, byl pro rychlé ukončení války a nastolení separátního míru. Proto Hugo údajně přistoupil na návrh generála von Falkenhausen, který ho nabádal, aby ve svém okruhu zjistil, kteří z důstojníků jsou proti Hitlerově politice a kteří vůdci stále důvěřují. Jména důstojníků měl von Falkenhausenovi průběžně hlásit. Hugo prý navštívil v této záležitosti generála v Bruselu celkem třikrát. Poté byl v létě roku 1944 na západní frontě zraněn a 30. července téhož roku byl zproštěn vojenské služby pro nespolehlivost. Následovaly pobyty v nemocnicích a návrat domů. Hugo Thurn - Taxis se v roce 1940 oženil s dcerou továrníka Karla Sponera z Chornic lngeborg, se kterou měl syny Karla a Friedricha. V roce 1943 dostal Hugo od svého otce statek Jaroměřice, na kterém poté podnikal ve vlastní režii.
Většinu času však trávil na evropských bojištích a tak se o veškeré záležitosti v Jaroměřicích starala jeho žena lngeborg. o postoji Huga Thurn - Taxise k tamnímu českému obyvatelstvu existují mnohá rozporuplná svědectví. Podle výpovědí řadových občanů se Hugo choval k Čechům slušně, nikoho neudal, spíše naopak. Osobně se prý zasloužilo záchranu několika lidí, kteří měli být odvezeni do koncentračních táborů. Podle svědectví jiných občanů byl Hugo naopak na místní obyvatele hrubý a Čechům se vysmíval. Údajně nikomu osobně nepomohl, nikoho nepodpořil.
Vzhledem ke své branné povinnosti netrávil na jaroměřickém statku mnoho času, podnikání řídila Ingeborg se svým tajemníkem Iljou Lorkem. Inge prý stála na straně Čechů, podporovala je a přestože byla německé národnosti, mluvila česky. Na záchraně několika občanů, kteří měli být posláni do koncentračních táborů, se prý podílela osobně, popřípadě se u Huga přimlouvala za jejich záchranu. O Lamoralovi, starším synovi Priedricha Thurn - Taxise není známo mnoho. Jeho manželkou byla jistá Edite Generad a roku 1944 se jim narodila dcera Maria. Ta se později provdala za Antona Weilera, přičemž je jich jediný syn, Alexandr, zemřel několik měsíců po narození v roce 1970. Samotný Lamoral byl po válce nezvěstný a o jeho dalším osudu nic nevíme.
